Si tenéis una tienda en la que todos los productos sólo tienen un IVA la configuración será realmente fácil en Drupal Commerce. Tan sólo tenéis que crear un impuesto tipo VAT y listo. Se aplicará para todos los productos y se especificará en en el checkout. Además podréis elegir si ponéis el precio con IVA en el producto o si lo hacéis sin IVA y Drupal Commerce lo ha de añadir al mostrarlo.

En cambio si queremos tener productos que tenga diferentes IVA's la cosa no es tan sencilla aunque en 10 minutos lo tendremos hecho. Seguramente hay diferentes formas de hacerlo pero yo lo he hecho así:

Actualización

Lo había puesto usando una categoría y el módulo Commerce Extra Rules Conditions con la condición "Line item product has term" pero gracias a Pedro Cambra me ha enseñado una mejor opción que es la que voy a explicar ahora.

Primero de todo hemos de asignarle al "product" un campo tipo select texto o entero que pueda tener nuestros posibles valores del iva.

Luego los IVA's necesarios en la configuración de taxes de Drupal Commerce, en mi caso he creado los tres, 18%, 8% y 4%. Con esto conseguimos que todos los productos tengan todos los IVA's así que hemos de hacer algo para aplicar los IVA's selectivamente. Para eso vamos a "configure component" en la configuración de uno de ellos. Allí hemos de poner una condición para que sólo se aplique a los productos que nosotros queramos.

Lo primero de todo es añadir la condición "Entity has field", en data selector poner "commerce-line-item" y en campo "commerce_product".

Luego volvemos a añadir "Entity has field", en data selector "commerce-line-item:commerce-product" y en el campo "field_iva".

Ahora ya podemos comprar el campo iva con el IVA que queremos aplicar en esta regla. Pongamos que es la regla del iva del 18%. Añadimos una nueva condición de "Data comparison" y como "data to compare" "buscamos commerce-line-item:commerce-product:field-iva". Lo puedes poner así directamente o irlo buscando poniendo primero commerce-line-item esperando al autocompletado hasta que salga commerce-product y luego lo mismo para field-iva (en mi caso he llamado así al campo pero tú lo puedes haber llamado diferente)

Ahora sólo falta hacer lo mismo con los otros IVA's y asignamos a cada producto el valor su iva en el campo iva.